La filtrazione finale ha lo scopo di affinare le caratteristiche dell'effluente della sedimentazione secondaria quando, in corrispondenza di punte di portata o per il peggioramento della sedimentabilità del fango biologico, si verifichino fughe incontrollabili di solidi sospesi. Essa contribuisce a migliorare la prestazione depurativa in relazione a BOD, COD, azoto e fosforo, poiché la biomassa attiva che costituisce i solidi sospesi nell'effluente di un processo biologico a fanghi attivi contiene sostanza organica, azoto e fosforo.
Gli impianti di filtrazione finale possono essere:

• Filtri a tela (a dischi o a tamburo)
• Filtri a sabbia

La disinfezione delle acque reflue ha lo scopo di abbattere la carica batterica residua presente nell'effluente finale e di rispettare i limiti fissati dalla vigente normativa.
La disinfezione finale può essere effettuata mediante:

• Dosaggio di prodotti disinfettanti (ipoclorito di sodio, acido peracetico...)
• Trattamenti di disinfezione a raggi UV, utilizzati allo scopo di evitare la creazione di sottoprodotti tossici, tipica dell'utilizzo di disinfettanti a base di cloro